经过了在圣母院同怪人首领加鲁曼决战胜利之后，巴黎终于恢复了昔日的和平。可是在大神的梦中，那名小丑却再次出现了，这一次不仅只有他，还有已经陷入昏迷状态的5位巴黎华击团的队员。小丑问及大神的敌人究竟是谁，当大神回答是怪人后小丑似乎对这个答案并不满意，接着还谈到爱莉嘉她们流着跟怪人们一样的巴里斯之血，究竟这番话代表着什么意思呢？翌日，大神同往常一样准备到附近的咖啡厅吃早餐。
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与副队长的约定 (自由活动时间2)
爱莉嘉篇
正准备前往咖啡厅吃早餐的大神，在住所门前遇到了推着一车行李的爱莉嘉。见到大神后爱莉嘉擦了擦汗水，微笑着对大神说：“我接受了大神先生的爱的告白，真是一件幸福的事。因此我决定从今天开始就搬到大神先生的住所内和大神先生一起生活。”一向风流倜傥的大神君完全被惊呆了，心中默默地念叨着：巴黎的女孩真是直接啊，看来日本式的恋爱告白毕竟是世界上最含蓄的表达方式了。好在大神君早已经过千锤百炼，被惊吓了数秒之后，便开始温柔地游说爱莉嘉。当她了解到最初未能体会大神先生原意之后，爱莉嘉终于同意先回到夏诺瓦尔歌剧院中自己的家并且作为补偿大神只好和她在晚上约会。
古妮西露篇
当大神正准备吃早餐的时候，巴露米娜官邸的管家达莉芙夫人突然出现，并对大神说上次的巴露米娜家族的未婚夫试验他已经顺利通过，判定为合格，可以随时准备成为古妮西露真正的未婚夫。当然一向口是心非的大神君会为自己狡辩，说自己并没有讲过要当什么巴露米娜家的未婚夫，可是傲慢的古妮西露自然不允许大神先生违背她的意志，于是便以巴露米娜家族需要传宗接代为理由否决了大神君的狡辩。接着巴露米娜家的佣人们便将大神四脚朝天地捆绑起来，万般无奈之下大神终于答应了自己想要成为巴露米娜家的未婚夫，并同意晚上跟古妮西露一起约会。
哥古妮戈篇
在大神准备去吃早餐的时候，突然感到附近的地面像地震般剧烈的摇晃起来，定睛一看才发现原来是哥古妮戈正骑着一头大象向他走来，问其原因才知道身为副队长的哥古妮戈为了更好地协助大神今后的工作，便决定从马戏团搬出来同大神先生一起住。可是一向自命不凡的大神看着这头大象的体积再瞧瞧自己住所的实际空间，这真是比例悬殊啊！接着大神便找出诸多似是而非的理由解释自己的尴尬处境，并对哥古妮戈说马戏团所有的人都离不开哥古妮戈，同时也希望她能够在马戏团的表演中取得更好的成绩。最后两个人约定今晚进行约会，谈论彼此都关心的事。
罗比莉雅篇
当大神正在咖啡厅吃早餐的时候，罗比莉雅却突然出现在他面前，并强行把大神带到一条街道中的时装店内。原来罗比莉雅打算将大神彻底改头换面，给他换上一套认为可以配的上自己的装束的服装，一向西装领带的大神被迫穿上了罗比莉雅为他挑选的服装站在镜子前“欣赏”自己的最新造型。站在一旁的罗比莉雅则对大神的这身打扮赞不绝口，并声称这才像自己的搭档！最后狡猾的罗比莉雅以大神现在穿着的服装作为交易的对象，约定今晚在夏诺瓦尔歌剧院门前见面，可怜的大神由于已经上了“贼船”，只好认命，同意晚上同罗比莉雅的约会。
北大路花火篇
前往咖啡厅吃早餐的大神，遇到了正在附近散步的花火，于是两个人便相约一起进餐。在点小吃的时候花火并没有主动选择自己喜欢的点心，只是遵从大神的喜好去选择完全相同的点心，傻傻的大神居然还惊奇自己爱吃的食品竟然同花火完全一样，这让远在西方国度的大神一郎也充分体会到大和抚子的温柔于关怀。吃过早餐之后，花火幸福地看着大神一郎，仿佛同心爱的人一起进餐就是使她感到最开心的事。最后花火害羞地主动邀请大神，希望他在结束了今晚的工作之后晚上能同她一起约会。此时感觉良好的大神自然爽快的答应了花火的要求，期待晚上同花火在一起度过浪漫的巴黎之夜。
特殊任务
今晚夏诺瓦尔歌剧院的节目跟平常一样精彩，而在一楼客席观赏演出的大神，受到了古兰玛、美露和丝的委托，说今晚将会有特别的任务，必须由他参与才能够进行下去。看到3人满面笑容的模样大神就已经感到这次的任务有点蹊跷，但是却没有丝毫推辞的理由，只好硬着头皮上。答应她们的要求之后，便按照约定在闭店之后在指挥员室等待。
到了闭店的那一刻，花组的所有成员来到大厅找大神，原因是在夏诺瓦尔歌剧院附近开了一家很不错的歌舞厅，大家都以试探的口气希望邀请大神一同前往。然而大神早已跟副队长之间约定晚上见面，只好巧妙地推托余下的4名花组成员，希望能够说服她们而自己去跟副队长进行约会。
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燃烧中的巴黎
跟古兰玛、美露和丝3人参加过舞会之后，大神便在指定的时间内来到夏诺瓦尔歌剧院门前等候她的到来。同她见面之后，两个人便来到能够眺望到艾菲尔铁塔和欧洲博览会会场的山丘公园之内，一起欣赏巴黎迷人的夜景。在微微路灯的照耀下她今夜显得格外妩媚，使这位在战场上的热血男儿--大神一郎也不禁动了真情，她对于能够跟自己最喜欢的人在一起也感到无比幸福。在经过一番倾情的谈心之后，她终于知道大神有朝一日还是要离开巴黎回到属于他的帝都。“为什么受伤的总是我？”这是此时此刻她内心深处最想找到答案的问题。大神从她的表情当中似乎已经看出了端倪，可是身为帝国海军中尉的他为了报效祖国，对于有些事情是无法自己做主的并且也不能说出口，这种现实于感情的冲突又何尝不是时常在煎熬着大神呢？在这个世界上真心相爱的恋人总是要经历磨难的，就像现在沉浸于这迷人夜色当中的大神和深爱着大神的她……
忍住内心伤痛的她本能地问及大神是否在帝都东京的帝国华击团当中还有对他来说最重要的人，为了使深爱着自己的恋人永远牢记这让人难以忘怀的夜晚，同时也为了对自己的真情负责，大神便决定把自己的真心话说出来。当大神说出自己的真实想法之后，眼前的她却突然改变了声线，接着便隐隐约约出现了那名经常在大神梦中出现的小丑。原来小丑借用了她的身体直接同大神对话，并说太古之魂是绝对不会原谅巴黎这座都市的，巴黎华击团的队员身上就流着同怪人们完全相同的巴里斯之血，说完之后就离开了她的身体，飘然而去。事后大神便问及刚刚苏醒的她是否知道有关巴里斯的事。可是此时却突然发生了轻微的地震，难道这又是怪人们所做的“好事”？收到了古兰玛的通信之后两个人便决定先回到作战指令室在作打算。
回到作战指令室之后，经过分析得知这场地震的原因是在圣母院附近出现了大量奇异的植物，因此大家推断新的怪人出现的可能性非常高。初步了解了事件的起因之后，大神一声令下便马上向圣母院进发。
巴黎华击团来到圣母院前的广场上，在此出现了许多能够发出妖力的植物树干，而在大家对其进行调查的时候竟然发现了再次复活的鱿鱼怪人加鲁曼。虽然加鲁曼声称“植物暴走”事件与他无关，可是他却放置了4枚足以毁灭半个巴黎的炸弹，于是大神便决定兵分两路，由大神带领2名队员负责攻击加鲁曼，而剩下的3名队员则负责拖延炸弹爆炸的时间。在这一次的战斗中，可能是因为加鲁曼刚刚复活不久的关系，因此他的力量已经大不如前。
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巴里斯之血
经过了一番激战，终于成功地将加鲁曼彻底消灭并且阻止了炸弹的爆炸。与此同时，大家发现奇异植物的根发出了光芒，最后在空中变成了大神梦中时常出现的那名小丑。小丑名叫沙缪，声称自己并不属于大神或怪人其中的任何一方，只是负责传达“远古意志”的使者。接着沙缪便向巴黎华击团讲起过去发生的一个真实故事：原来以往的塞纳河西提岛上居住着爱莉嘉等5人的祖先巴里斯人，本来一直过着和平生活的巴里斯人最终却被强大的罗马人所灭亡，并由此产生出强大的巴里斯怨念，于是便筑起了魔法防御墙将这股怨念封印在巴黎的地底下。可是随着时光的流逝，人类文明的发展，魔法防御墙的力量开始减弱，巴黎的怪人也就此应运而生，另外在爱莉嘉等5人手背上的标记便代表了她们是巴里斯人后裔的最佳证明。
看到自己的手背上的标记，爱莉嘉她们也感应到来自内心深处的一种温暖，一种深深怀念的感动，看来沙缪所说的并非谎言。接着，沙缪利用以往死去的怪人魂魄作为载体，召唤出埋藏在圣母院地下的奥古之树，而在场的爱莉嘉她们由于知道了有关自己祖先的事情而对此没有采取任何行动，既然不能向对方攻击，那么大神只好命令队员撤退并赶回作战指令室。
从圣母院地下生长出来的奥古之树不停地向外延伸，逐渐要将整个巴黎完全覆盖，几乎使整个都市陷入瘫痪，估计到了明天的黄昏时刻整个巴黎就会因此而消失。虽然现在的事态非常严重，但大神此时此刻最担心的还是爱莉嘉她们因为自己是巴里斯人而不愿参加战斗的关键问题。就在考虑这个问题的时候，奥古之树的枝干已经伸延到夏诺瓦尔歌剧院之内，看来不得不放弃这个秘密基地了。于是在古兰玛的指挥下决定搭乘弹丸列车艾克诺鲁的改良机--艾克诺鲁强袭型作紧急撤退，维修班的工作人员在处理好巴黎华击团的光武F2之后大家便立即出发。在撤退的同时，奥古之树并没有放弃对弹丸列车艾克诺鲁强袭型的攻击，并且还从树根部放出了许多小型的生体兵器去攻击弹丸列车的弱点--蒸汽组件。为了使弹丸列车完全撤退，大神决定一个人出外同生体兵器决一死战，而副队长经过反复考虑，最终还是被大神坚定的意志所感动，决定保护大家并同大神一起战斗，将入侵的敌人全部消灭。在战斗的过了一半时，花组的其他同伴看到大神他们为了守护大家而英勇战斗，终于能够从思想上摆脱巴里斯之血的束缚，明白自身现在的立场，那就是要为了守护巴黎而战斗！
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(自由活